工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲...

漆黑的夜晚，一名间谍悄然潜入日本警方某机构，盗走了记载着各国谍报机构重要数据的绝密文件的绝密数据。日本警方和FBI探员赤井秀一（池田秀一配音）旋即与间谍展开追逐。最后，逃亡者的车辆坠落悬崖。第二天，柯南（高山南配音）和伙伴们来到东都水族馆观光，结果发现一名受伤的美丽女子（天海佑希配音）。该女子处于失忆状态，身上的手机也破损无法使用。柯南等人答应要帮她恢复记忆，当他们七嘴八舌之际，藏在暗处的黑衣组织...

20世纪末，一种被称为“B细胞”的物质被发现存在于生物体内，这种物质会直接侵入生物的DNA内部，使其产生异变。科学家们对这种奇妙的物质产生了极大的兴趣，为此进行了多次动物实验，并秘密地准备将B细胞用在人体上。高中生海堂佑司在不知不觉中成为了牺牲品，也因B细胞的活性化而被诊为不治之症，进入了精心安排下的冷冻睡眠。在这段时间内，由于动物体内的B细胞无法通过冷冻来抑制，使其发生了突变增殖引发了物种变化，...

讲述灰原哀的过往。...