宝可梦广场是为宝可梦而准备的游戏场所。皮卡丘、波克比、杰尼龟，还有一些大家熟悉的宝可梦们，都在那里快乐游玩。但，皮卡丘与杰尼龟等同伴因为小事跟别的宝可梦吵起来，吵醒了在睡觉的波克比，也引起了一场意外.........

故事讲述的是一群疯狂的科学家，为了自己的梦想，研制出一套只需要少许基因便可复制出宝可梦的机器，并把发掘到的世界最强宝可梦复制成了拥有比梦幻更强能力的超梦。但当超梦醒来后，却因无法找寻到真正的自我而暴走。火箭队的老大出现在超梦的面前，用花言巧语把迷失自我的超梦拉拢过来为自己办事，但没过多少时间，超梦再次对自我感到迷茫。超梦回到那个复制它的岛屿，决定开始它的复仇之战。...

故事是叙述有一个博士发明了一个时空茶壶，这茶壶会说话也会带人回到过去和未来，但茶壶有点不灵光，它把人送到了过去，却无法将人带回原来正确的时间，沙克强和小美因此就被留在过去的时光，沙克强和小美回到了过去的巴格达城，他们遇见了坦登王子和莎拉公主还有魔法师，这魔法师有一个神灯，只要磨擦神灯就会出现神灯巨人，神灯巨人脑筋有点问题，一出场便是哈哈大笑，故事结局是博士又发明了另一个时空茶壶，才将沙克强和小美带...

持续在世界各地进行修业之旅的小智（松本梨香配音）、小刚（うえだゆうじ配音）和小光（豊口めぐみ配音），历经长途跋涉终于来到了位于山谷丘陵处的目的地阿拉莫斯镇。小镇上耸立着象征时间与空间的时光之塔，新一轮的神奇宝贝竞赛将在塔的下方举行。小智一行走错了路，却由此结识当地的美丽女孩艾丽丝（加藤ローサ配音）。紧张的战斗与快乐的游玩，却未察觉危险正悄悄逼进。小智遭到噩梦精灵达库莱伊的袭击，虽然达库莱伊被当地所...

在日本岐阜县某座城市，生活着无忧无虑的小黑猫鲁道鲁夫（井上真央配音）。原本优哉游哉陪伴着小主人理惠的他，不小心钻进了货柜车中，结果一路被带到了东京。在这座完全陌生的大都会里，他邂逅了认识人类文字的流浪猫首领——虎斑猫易白易阿特那（铃木亮平配音）。由于对自家的情况说不清道不明，所以易白易阿特那认为鲁道鲁夫很难回到故乡了。失落的鲁道鲁夫被迫开始了流浪猫的生活。在此期间，他跟随易白易阿特学习人类文字，从...

朝霧陽子是個17歲的普通女子高中生，對心愛的少年一直不敢告白的她試著做了一首曲子，想在完成時下定決心告白。但完成後她卻還是不敢與對方說話，就在兩人擦肩而過之後陽子突然跑到了另一個世界。在另一個世界有人突然奪走了她的隨身聽，裡頭有錄有她做的曲子的錄音帶。隨後她就遭到人追殺，這時她突然被一朵花吞入而後換上鎧甲與對方戰鬥。在陽子的身上究竟發生了什麼事呢？...

表面上看来，桃子（冰上恭子配音）、百合（野上尤加奈配音）、雏菊（宫村优子配音）和红花（今井由香配音）是四个活泼可爱个性开朗的女孩，可是在背地里，她们还有这另一重身份——为了拯救天使界而战斗的“爱天使”。随着时间的推移，曾经激烈的战斗已经成为了过往，过上了平静生活的四人逐渐失去了作为“爱天使”的记忆。一次旅途中，前往海边度假的四人意外的遭到了妖怪的袭击，之后现身的阿布罗狄女神（病藤真子配音）恢复了四...

小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此开始。小智与皮卡丘又将一起开始新的冒险……另一方面，在超级机关城市阿佐特王国，大臣贾维斯得到了常年追求的终极发明——500年前诞生于阿佐特王国的人造宝可梦玛机雅娜。据说在玛机雅娜体内，有被称为“魂心”...

在代欧奇希斯（以下代欧）变成防御型态与裂空坐持续激战的同时，拉鲁斯市广播系统昭告大家紧急避难。市民们听到广播后便惊慌疏散。代欧此时又变成攻击型态，并对裂空坐释出攻击。广播持续呼吁民众这并非演习，而小超则在逃窜中的人群当中，大惑不解为何代欧还活着。当小超在避难时遇见一只难过的正电拍拍。小超一看到神奇宝贝顿时吓坏了，但听到它的求救声便镇静下来。原来它的同伴负电拍拍被陷进垃圾桶里无法挣脱，小超决定帮忙。...

小智（松本莉香配音）来自真新镇，他的目标是要成为神奇宝贝顶级训练师。在即将展开训练师旅程的一天，因为迟到，他并没有拿到初始的小精灵。大木博士（石冢运昇配音）见状，便送了一只不愿进精灵球和非常调皮的皮卡丘给这位失落的年轻人。于是，他们俩便踏上了精灵宝可梦的旅程。在旅途中，他们的之间的隔阂逐渐打破，并认识了同行的伙伴诚子（佐藤刊里配音）与宗次（本乡奏多配音），并听到了有关凤王的传说。“受到虹色之羽的引...