《新鬼武者》是继以织田信长为主题的三部曲完结后，另一个新故事的开始。故事叙述统帅幻魔大军纵横战国时代的幻魔王织田信长，在本能寺被明智左马介消灭之后，原为信长部下的丰臣秀吉趁势崛起，在信长死后统一天下，危害世间的幻魔也随著信长的死而销声匿迹。文禄六年（1596年）6月29日，天空突然出现了绽放著红色光芒的妖星，已位极人臣的丰臣秀吉性格跟著大变，各地也频繁的发生天灾，久未出现的幻魔也彷彿呼应著纷乱的人...