接續前作“哥吉拉X機械哥吉拉”的故事，一年前與哥吉拉（Godzilla）的決戰，機龍（機械哥吉拉Mechagodzilla）受損程度37%，失去了右腕及終極武器-絕對零度炮。維修組員中條義人在八王子基地負責修復機龍的工作。某日中條在他叔叔信一的別墅家渡假時，嬰兒島的小美人精靈竟然出現在他們眼前。小美人給他們一個忠告：人類用哥吉拉骸骨製造出機龍是個嚴重的錯誤，如果出動機龍，摩斯拉就會變成人類的敵人。...

某天，突然妻子香（宫地真绪饰）去世的工薪族浩二（金子升饰）被医生告知妻子怀孕三个月。虽然关系很好，但不知不觉中已经没有性生活的两个人之间不可能有孩子。不是自己的孩子。到底是谁的孩子？加深了对焦躁和疑虑的浩二，与不伦对象玲子（穗花）再会，坦白了自己所不知道的事实。对曾经寄宿浩二的孩子的玲子，只有孩子想死心请求了香里。另一方面，对那个事的罪的意识和对丈夫的背叛失意的生前的香气，遇到小学时代的同学;中村...

　　自由撰稿人河上辰男死在家中。警视厅搜查一课的刑警栋居弘一良在现场勘查后发现，被喷满了雾状血迹的书架上，有一本书滴血未沾，他便起了疑心。那本书是著名作家桧山丽子的畅销小说《湖上之恋》，而且里面还有作者的亲笔签名。　　其他刑警怀疑上了案发后失踪的河上的同居人水野伸江，而栋居却着眼于血迹之谜。河上被杀的时候，《湖上之恋》不在书架上吗？如果真是如此，凶手有为何非得把书放回书架呢？...